کوه خضر نبی در ۶ کیلومتری مرکزقم به سمت جنوب و در کنار شهرک قدس قرار دارد. شهر قم را از فراز این کوه می‌توان دید. بر قله این کوه امروز مسجد کوچکی احداث شده‌است و گفته می‌شود که محل زیارت خضر نبی بوده‌است.این کوه در گذشته محل نیایش عارفان بوده‌است. ارتفاع کوه حدود ۱۱۱۷ متر است و در نزدیکی کوه دوبرادران (کوه نیایش)
برای رفتن به بالای کوه باید ۳۱۳ پله را طی کرد تا به مسجد رسید.